La principal indicación es para la contractura crónica y refractaría, para el tratamiento convencional con relajantes musculares, y otras técnicas de fisioterapia (como la punción seca). Estos efectos son los que sugirieron la posibilidad de aplicarla en el tratamiento de la migraña crónica refractaria unilateral, con zonas de alodínia (sensibilidad aumentada a estímulos que habitualmente no causarían dolor) y con hipersensibilidad a la presión muscular.

Este tratamiento también se puede aplicar para aligerar el dolor otras formas de migraña crónica, como es la migraña episódica (el paciente tiene crisis frecuentes durante 8 días o más al mes y durante los últimos 3 meses).

El tratamiento de la migraña crónica con TXA (toxina botulínica A) se realiza de forma ambulatoria, sin necesidad de sedación del paciente. Este se puede sentar o estirar en la camilla. La toxina se diluye en una jeringuilla de 2 ml para administrar la dosis con una punción subcutánea. Se administran un total de 10 puntos repartidos entre la parte posterior (trapecio, elevador de la escápula), temporal, frontal y hombro corrugador.

El inicio de los efectos empiezan a la primera semana, y puede durar entre 5-6 meses. El paciente puede notar que su «dolor de cabeza» ha disminuido, que las frecuencias del episodio o crisis han disminuido, y también la intensidad de las crisis.

El efecto secundario más común es el dolor en su punto de punción. Este efecto puede desaparecer después de unas horas. Puede aparecer un cuadro de febrícula con signos de resfriado entre los 3-5 días después de la aplicación de la TXA, que responde al tratamiento con antigripales.

Los resultados se encuentran entre las 15 semanas y los 5 meses. La duración del tratamiento determina la periodicidad de este, y se puede volver a repetir el tratamiento a los 5-6 meses de su administración.